Vliv povodní zasahujících větší území se zpravidla projevuje v celé délce toku. Opatření provedená v horní části povodí ovlivňují odtokové podmínky a průběh povodně v dolní části toku a jeho recipientu. Platí to zejména o manipulacích na vodních dílech, ale také o provádění zabezpečovacích prací, jako je zvyšování nebo naopak účelové prorážení hrází, náhlé uvolnění ucpaného průtočného profilu, uvolnění ledové celiny a vyvolání chodu ledu apod. V tomto případě je proto bezpodmínečně nutná odborná koordinace povodňových aktivit ovlivňujících odtokové podmínky a průběh povodně v rámci větších hydrologických celků, které obvykle přesahují územní působnost povodňových komisí obcí s rozšířenou působností.
Koordinační činnost v rámci oblastí povodí vykonávají příslušné povodňová komise krajů s odbornou podporou příslušného správce povodí (státního podniku Povodí), které z odborného vodohospodářského hlediska sjednocují aktivity jednotlivých povodňových komisí obcí s rozšířenou působností a ostatních účastníků ochrany před povodněmi (zejména správců drobných vodních toků a vlastníků (uživatelů) nebo správců vodních děl) a pomáhají jim v jejich činnosti.
Oblasti povodí jsou vymezeny zákonem č. 254/2001 Sb., o vodách ve znění pozdějších změn (zákon č. 20/2004 Sb.). Jedná se o následující oblasti povodí:
| • | oblast povodí Horní Vltavy, |
| • | oblast povodí Dolní Vltavy, |
| • | oblast povodí Ohře a Dolního Labe, |
| • | oblast povodí Horního a středního Labe, |
Úkoly povodňových orgánů krajů vyplývají z § 80 zákona č. 254/2001 Sb., o vodách ve znění pozdějších změn. Povodňová komise kraje řídí, kontroluje a koordinuje ochranu před povodněmi, pokud povodeň zasáhne území více obcí s rozšířenou působností a je nutná koordinace prováděných opatření v rámci oblasti povodí a pokud PK obcí s rozšířenou působností nestačí vlastními silami a prostředky činit potřebná opatření. Za tím účelem:
| a) | potvrzuje soulad věcné a grafické části jim předložených povodňových plánů správních obvodů obcí s rozšířenou působností s povodňovým plánem správního obvodu kraje, |
| b) | zpracovává povodňový plán správního obvodu kraje podle § 71 odst. 3 písm. c) a předkládají jej ústřednímu povodňovému orgánu, |
| c) | prověřuje připravenost účastníků ochrany podle povodňových plánů, |
| d) | ukládajá podle potřeby vlastníkům vodních děl úpravy manipulačních řádů z hlediska povodňové ochrany, |
| e) | organizuje odborná školení a výcvik členů povodňových orgánů obcí s rozšířenou působností a účastníků ochrany před povodněmi, |
| f) | se účastní hlásné povodňové služby na území kraje, informuje o nebezpečí a průběhu povodně povodňové orgány obcí s rozšířenou působností, Český hydrometeorologický ústav a Ministerstvo životního prostředí, |
| g) | organizuje, řídí a koordinuje opatření na ochranu před povodněmi podle povodňových plánů, řídí a koordinuje opatření prováděná povodňovými orgány obcí s rozšířenou působností, |
| h) | vyhlašuje a odvolávajá stupně povodňové aktivity v rámci územní působnosti, |
| i) | řídí ve svém správním obvodu ovlivňování odtokových poměrů manipulacemi na vodních dílech v rámci manipulačních řádů; nařizuje mimořádné manipulace na těchto vodních dílech nad rámec schváleného manipulačního řádu po projednání s dotčenými povodňovými orgány obcí s rozšířenou působností ve svém správním obvodu, s příslušnými správci povodí a s povodňovými orgány krajů, jejichž správní obvody mohou být touto mimořádnou manipulací ovlivněny, |
| j) | posuzuje vliv zabezpečovacích prací na vodních tocích a vodních dílech na odtokový režim po projednání se správci vodních toků a vodních děl, které jimi mohou být dotčeny, a koordinuje jejich provádění, |
| k) | zpracovává souhrnnou hodnotící zprávu o povodni včetně analýzy rozsahu a výše povodňových škod a účelnosti provedených opatření, |
| l) | vede záznamy v povodňové knize, |
| m) | využívá pro řízení záchranných prací, pro jejich koordinaci se složkami integrovaného záchranného systému a pro spojení s místy záchranných prací příslušné operační a informační středisko Hasičského záchranného sboru České republiky. |
