Ochrana před povodněmi je řízena povodňovými orgány, které ve své územní působnosti odpovídají za organizaci povodňové ochrany, řídí, koordinují a kontrolují činnost ostatních účastníků ochrany před povodněmi. Postavení a činnost povodňových orgánů jsou specifikována ve dvou časových úrovních:
| a) | mimo povodeň jsou povodňovými orgány: |
| • | orgány obcí a v hlavním městě Praze orgány městských částí, |
| • | obecní úřady obcí s rozšířenou působností a v hlavním městě Praze úřady městských částí stanovené Statutem hlavního města Prahy, |
| • | Ministerstvo životního prostředí, |
| b) | po dobu povodně jsou povodňovými orgány: |
| • | povodňové komise obcí a v hlavním městě Praze povodňové komise městských částí, |
| • | povodňové komise obcí s rozšířenou působností a v hlavním městě Praze povodňové komise městských částí stanovené Statutem hlavního města Prahy, |
| • | Ústřední povodňová komise. |
Povodňové komise (dále jen PK) zřizují orgány veřejné správy jako své výkonné složky k plnění mimořádných úkolů v době povodně. Obce zřizují povodňové komise tehdy, pokud je v jejich územních obvodech možnost povodní. Předsedou povodňové komise obce je její starosta. Povodňové komise mohou k plnění svých operativních úkolů vytvářet pracovní štáby. V době povodně, která svým rozsahem přesáhne územní obvod povodňového orgánu nižšího stupně, nebo v případech, kdy povodňový orgán nižšího stupně nestačí vlastními silami a prostředky činit potřebná opatření a není vyhlášen krizový stav, převezme řízení ochrany před povodněmi povodňový orgán vyššího stupně s tím, že oznámí datum a čas převzetí, rozsah spolupráce. Nižší povodňové orgány zůstávají dále činné a provádějí ve své územní působnosti opatření podle svých povodňových plánů v koordinaci s vyšším povodňovým orgánem nebo podle jeho pokynů.
V případě vyhlášení krizových stavů podle zákona č. 240/2000 Sb., o krizovém řízení a změně některých zákonů, přecházejí oprávnění a povinnosti povodňových orgánů na místně příslušné orgány krizového řízení, ÚPK se stává součástí Ústředního krizového štábu.
Ostatními účastníky povodňové ochrany, kteří se podílejí na ochraně před povodněmi v daném území jsou zejména:
| • | správci významných vodních toků, |
| • | správci drobných vodních toků, |
| • | vlastníci (uživatelé) nebo správci objektů na vodních tocích, |
| • | pracoviště předpovědní povodňové služby ČHMÚ, |
| • | vlastníci (uživatelé) a správci nemovitostí v ohroženém území, |
| • | orgány ochrany veřejného zdraví, |
| • | organizace pověřená prováděním technickobezpečnostního dohledu na vodních dílech, |
| • | další subjekty, které mohou pomoci např. dopravními prostředky, těžkou mechanizací atd. |
Zapojení ostatních účastníků ochrany před povodněmi závisí na charakteru povodňové situace a místních podmínkách. Zástupci nejdůležitějších subjektů jsou obvykle členy příslušné povodňové komise. Při povodni postupují podle vlastních povodňových plánů a pokynů povodňových orgánů. Koordinace opatření, která mohou ovlivnit odtokové poměry v rámci oblastí povodí, je zajišťována z úrovně správců významných vodních toků (jednotlivé státní podniky Povodí), k jejichž odbornému stanovisku jsou povodňové orgány povinny přihlížet. Zapojení složek Ministerstva vnitra, popř. Armády ČR do záchranných nebo zabezpečovacích pracích se děje na žádost povodňových orgánů.
