Členy ÚPK jsou pověření členové vlády a další pověření pracovníci ústředních orgánů, které jsou nebo mohou být činné v ochraně před povodněmi. Předsedou je ministr životního prostředí, místopředsedou je ministr vnitra.
Zastoupení jednotlivých ústředních orgánů v ÚPK schvaluje vláda, naposledy bylo upřesněno usnesením vlády ČR č. 1102 ze dne 5. listopadu 2003, kterým byl současně schválen její nový statut.
Seznam členů ÚPK je uveden v příloze. Členové ÚPK jsou povinni se seznámit s povodňovým plánem ČR a s jeho změnami a doplňky.
Zasedání ÚPK svolává její předseda, příp. místopředseda nebo pověřený člen:
| • | na žádost předsedy (jeho zástupce) povodňové komise kraje, pokud tato vlastními silami a prostředky nestačí činit potřebná opatření, |
| • | na základě vyhodnocení povodňové situace a jejího možného vývoje, |
| • | k projednání organizačních a jiných závažných otázek v oblasti ochrany před povodněmi. |
ÚPK řídí, kontroluje, koordinuje a v případě potřeby ukládá opatření v celém rozsahu řízení ochrany před povodněmi v době povodně ohrožující rozsáhlá území, pokud povodňové komise krajů vlastními silami a prostředky nestačí činit potřebná opatření. V rámci plnění úkolů při ochraně před povodněmi podle zák. č. 254/2001 Sb.:
| • | informuje vládu o průběhu a důsledcích povodní, |
| • | nařizuje po projednání s příslušnými povodňovými orgány krajů a příslušnými správci povodí mimořádné manipulace na vodních dílech nad rámec schválených manipulačních řádů s možným dosahem přesahujícím rámec oblastí povodí, |
| • | koordinuje a kontroluje činnost povodňových komisí krajů, |
| • | vede záznamy v povodňové knize, |
dále při plnění funkce ústředního povodňového orgánu na území ČR:
| • | vyhodnocuje vývoj povodňové situace, |
| • | rozhoduje o opatřeních ke zmírnění průběhu a následků povodní a činí opatření potřebná k výkonu zabezpečovacích a záchranných prací, zvláště při použití prostředků mimo působnost aktivované povodňové komise kraje, |
| • | v případě potřeby vyžaduje pomoc jednotek Armády ČR, Ministerstva vnitra (včetně leteckého útvaru pro provedení terénního průzkumu), jakož i pomoc ostatních orgánů a organizací, pokud o ni dle platných předpisů nepožádají povodňové komise krajů, |
| • | předkládá vládě zprávy o povodňové situaci a povodňových škodách spolu s návrhy na nutná opatření, |
| • | připravuje zprávy pro sdělovací prostředky, |
| • | rozhoduje o realizaci projektu k pořízení dokumentace povodní, které svým rozsahem přesahují území jednoho kraje. |
Opatření příslušející ÚPK může v případě nebezpečí z prodlení učinit její předseda, případně místopředseda. Taková opatření předkládají dodatečně ÚPK ke schválení. ÚPK je povinna informovat povodňové komise krajů o přijatých opatřeních v jejich územních obvodech. V případě převzetí ústředního řízení ochrany před povodněmi v plném rozsahu, oznamuje příslušným PK den a hodinu převzetí a ukončení ústředního řízení.
ÚPK zasedá zpravidla v Praze, v případě potřeby v jiném místě (zpravidla v oblasti probíhající povodně).