MŽP jako ústřední povodňových orgán v rámci plnění úkolů při ochraně před povodněmi:
| • | řídí ochranu před povodněmi a výkon dozoru nad ní s výjimkou řízení povodňových záchranných prací, které přísluší Ministerstvu vnitra, |
| • | metodicky řídí přípravu opatření na ochranu před povodněmi, zejména zpracování, předkládání a schvalování povodňových plánů, organizaci předpovědní a hlásné povodňové služby, |
| • | zpracovává po projednání s dotčenými orgány veřejné správy Povodňový plán ČR a předkládá jej ke schválení ÚPK, |
| • | potvrzuje soulad povodňových plánů správních obvodů krajů s Povodňovým plánem ČR, |
| • | účastní se hlásné povodňové služby, připravuje odborné podklady pro případné převzetí řízení ochrany před povodněmi ÚPK, poskytuje informace sdělovacím prostředkům, |
| • | zajišťuje průzkumné a dokumentační práce většího rozsahu (letecká pozorování, snímkování a podobně), |
| • | účastní se odborné přípravy pracovníků povodňových orgánů. |
Při nebezpečí nebo výskytu povodně většího rozsahu podle potřeby zřizuje MŽP stálou povodňovou službu, která se zapojuje do systému povodňové ochrany a plní operativní úkoly i mimo pracovní dobu MŽP. Příkaz ke zřízení a zrušení stálé povodňové služby vydává věcně příslušný náměstek ministra životního prostředí na doporučení ředitele odboru ochrany vod MŽP. Stálou povodňovou službu organizuje a řídí ředitel odboru ochrany vod MŽP, příp. jeho zástupce.
V době povodně, pokud řízení ochrany před povodněmi nepřevezme ÚPK, zajišťuje MŽP zejména následující operativní úkoly:
| • | účastní se hlásné povodňové služby, |
| • | sleduje zabezpečovací práce v ohrožených a zaplavených územích, |
| • | informuje podle potřeby vládu, |
| • | připravuje potřebné materiály k převzetí řízení povodňové ochrany ÚPK, |
| • | připravuje zprávy o povodňové situaci pro sdělovací prostředky, pokud to není zajištěno povodňovým orgánem, který organizuje a řídí povodňovou ochranu, |
| • | zajišťuje podle potřeby průzkumné a dokumentační práce většího rozsahu, |
| • | zajišťuje jednání PŠ ÚPK. |
Pokud řízení ochrany před povodněmi převezme ÚPK, zabezpečuje MŽP její činnost podle operativních pokynů ÚPK. Po skončení povodně soustřeďuje MŽP hydrometeorologickou zprávu ČHMÚ a zprávy krajských úřadů o průběhu povodně, provedených opatřeních, příp. vzniklých škodách a podle potřeby informuje ústřední orgány, případně vládu.
