V období mimo povodeň usměrňuje Ministerstvo vnitra IZS při přípravě záchranných a likvidačních prací, kontroluje připravenost útvarů na zabezpečování komunikačního spojení, na úkoly při zabezpečení ochrany zdraví a života občanů, při ochraně pořádku a majetku a při případném vzniku mimořádné události. Zabezpečuje výstavbu a provozuschopnost systému pro vyrozumění orgánů státní správy, samosprávy a varování obyvatelstva při povodňovém nebezpečí, sjednocuje postupy evakuace obyvatelstva, navrhuje povodňovým orgánům obsah evakuačních opatření v povodňových plánech. Podílí se na přípravě nouzového přežití obyvatelstva, zejména v oblasti humanitární pomoci povodněmi postiženému obyvatelstvu, koordinuje vedení plánů ochrany obyvatelstva pod vodními díly před účinky zvláštních povodní.
V období povodně především:
| • | ústředně řídí a koordinuje záchranné a likvidační práce, |
| • | kontroluje efektivnost nasazení příslušníků Policie ČR a Hasičského záchranného sboru ČR (dále jen HZS ČR), |
| • | při povodni zasahující rozsáhlejší území koordinuje spolupráci jednotlivých útvarů IZS při zabezpečovacích a záchranných pracích, |
| • | prostřednictvím složek Ministerstva vnitra - operačního a informačního střediska HZS ČR a operačních středisek hasičských záchranných sborů - zajišťuje informovanost obecních úřadů s rozšířenou působností a krajských úřadů a složek IZS o varovných hlášeních v souvislosti se vznikem povodní, při povodních zajišťuje spojení s krajskými úřady a obecními úřady s rozšířenou působností |
| • | rozhoduje o nasazení a soustředění jednotek požární ochrany a věcných prostředků HZS z více krajů, |
| • | při aktivizaci ÚPK zajišťuje spojení mezi útvary policie, operačními a informačními středisky HZS ČR zasažených krajů a ÚPK, |
| • | při záchraně osob nebo rychlém průzkumu ohroženého nebo zaplaveného území na vyžádání předsedy krajské PK nebo ÚPK zajišťuje pomoc letecké služby Policie ČR. |